יום שישי, 6 בספטמבר 2013

וירוס מי אתה? אתה מסתובב פה הרבה? בדיקה מעמיקה של שיטת ניטור הוירוס הפראי

צדק מי שאמר, שההורים איבדו אמון במשרד הבריאות. יש הטוענים כי אם משרד הבריאות כרגע יטען שהכדור עגול, יבקשו לראות פה צילומים מהחלל. רוצה לומר לא מאמינים פה לעובדות בסיסיות.
אישית אני מוצאת את עצמי, כבר ארבעה חודשים, קוראת מאמרים באנגלית, מתרגמת, מתכתבת עם רופאים. כמו פאזל אני לאט לאט מפצחת את התשובות עבור עצמי. כמובן שכל הורה יפרש את אותן עובדות בצורה שונה עבורו, וההחלטה אם לחסן או לא, קרוב לוודאי שתתבסס על מה הדבר שהכי פחות מפחיד אותי כהורה ואמונה בדרך שבה אני חי.

משרד הבריאות טוען שהווירוס הפראי מתפשט, ושהוא נגלה בעוד ועוד מקומות.
שמעתי בתמורה שאלות - איך זה שהוא מתפשט דווקא עכשיו שמתחסנים? אם וירוס מוגדר כפרא, רק בשינוי של 15% אז אולי הוא בכלל מהחיסונים, וזה גורם לנו להיות בלופ של מגיפות? האם בודקים צפונה, ככל שמתאים להם, למסע ההפחדה שלהם, כדי לגרום להורים להתחסן?

טוב, אז אמא חוקרת הפשילה שרוולים שוב

הנה השאלות שבדקתי
- האם יכול להיות שיש פה וירוס פראי, אבל שמקורו בסופו של דבר מחיסון?

- מהי שיטת הניטור ומדוע רואים התפשטות דווקא בחודשיים האחרונים, (האם יכול להיות שהווירוס מתפשט פה לפי הצרכים של משרד הבריאות?)

וירוס מי אתה?

השאלה מי הוא בדיוק הוירוס המסתובב כאן, נצרכתי לעזרה מהמוח כוורת.
ידוע בהגדרה שוירוס פראי שונה ב15% מוירוס חיסוני. אם כך, האם יכול להיות שמה שמסתובב כאן, הוא ריקושט של מבצעי חיסון בעבר? או אולי בהווה? או האם מה שמסתובב כאן, הוא אכן נגיף פרא, כשר למהדרין, אמיתי אמיתי.
בידיעות סופר לנו, שהם עושים מיון ראשוני, המתבסס על הריגת הווירוס בטמפרטורה מסויימת, לפיו ניתן לזהות באופן ראשוני אם מדובר בווירוס פוליו או לא. בשלב שני, לפי דבריו, נשלח הווירוס לבדיקה, המוודאת שאינו מווירוס חיסוני.

במאמר הזה נאמר כי ההגדרה לוירוס פראי, הינו שוני של 15% מגנום של נגזרת חיסונית. הציטוט מובא מהמחקר המלא, (תודה לחדווה בר-לב).

Three categories of poliovirus isolates are
recognized: (a) OPV-like isolates, which differ from the respective parental Sabin strains by <1% of VP1 nucleotides; (b) VDPVs, which differ from the parental Sabin strains at 1% to 15% of VP1 nucleotides (i.e., having ≥10 nucleotide substitutions); and (c) wild polioviruses, which differ from the Sabin strains at >15% of VP1 nucleotides 

בשלב הזה עוד נשארתי עם השאלות, האם לא יתכן שאנחנו משלמים פה מחיר על מבצעי חיסון מן העבר? סך הכל צריך כמה שינויים גנטים, ויש לנו וירוס פראי.

מיכל רמות וגנטיקאית  נוספת שעמה התייעצה מוסרות לי שלמעשה, על ידי ריצוף הגנום, ניתן לדעת בוודאות מה מקורו.
יכולים לקרות מקרים שווירוס פראי, היה פעם נגזרת חיסונית. אבל, ניתן לעקוב אחרי מוטציות גדולות מ15%, וכך לדעת מה מקור הגנום:


"זה לא רק כמה מוטציות יש, אלא גם איזה מוטציות, ואיפה הן. עקרונית יכול להיות סיכוי מסויים שזה יהיה כל כך שונה מהמקור, שזה יסווג בתור פראי. אבל הנגיף מהחיסון הוא בעל מוטציות מסויימות מהפראי, ויודעים בדיוק איזה הן. יש לווירוס הזה 7444 אותיות בגנום שלו, שכל אחת יכולה להיות אחת משתי אופציות. מוטציה משנה אות אחת לשניה. אז יש עניין של מה אחוז האותיות השונה בין הרצפים, אבל יותר חשוב מזה למצוא מקטעים ששונים או דומים, ולראות איפה ההבדלים באותיות. וכיוון שיודעים איפה ההבדלים במקור בין החיסון לפראי, אז אפשר לעקוב גם אחרי מוטציות שגדולות מ-15% (שזה אגב המון, כי קצב המוטציות שלו הוא בערך 1% בשנה). חוץ מזה, חלק מהמוטציות יהרגו אותו, או יהפכו אותו לחלש יותר, ואת המוטציות האלה לא נראה. אז זה מקטין עוד יותר את הסיכוי לטעות בסיווג, למרות שתאורטית הוא עדיין קיים. ניתן לחשוב על זה בתור טקסט, כשמנסים להבין מאיפה העתיקו, מהפראי או מהחיסון".


כמו כן דר' תמר גולן, מסבירה על שיטת האבחנה בין הגנומים

התמונה מדגימה איך מבדילים בין 3 הזנים, הבדל בין WT לבין זן חיסוני נקבע באופן דומה


  • השיטה המדויקת והרגישה ביותר להבחנה בין זני פוליווירוס שונים, או בינם לבין הזן התרכיבי הינה שיטת ה- /Real Time-PCR Reverse Transcriptase ולאחריה ריצוף גנום ה- RNA. באמצעות RT-PCR ניתן להגביר (לשכפל עותקים) רצפים מוגדרים בגנום אשר ייחודיים לזן ספציפי או לזן התרכיבי. להלן דוגמא של שימוש בשיטה למטרת הבדלה בין שלשה זנים, כאשר הבדלה בינם לבין הזן התרכיבי נעשית באותו האופן:
    בתחתית התמונה ניתן לראות את רצף ה- RNA של כל אחד משלשת הזנים. חלק מן הרצף משותף לשלשתם וחלקו משתנה וספציפי לזן. במידה ונרצף את האיזור הספציפי בגנום של וירוס אשר התגלה בדגימת נשא, נוכל להשוותו לכל אחד מרצפי הוירוס הידועים, או לרצפים מוטנטיים של זן תרכיבי ובצורה זו לאבחנו בוודאות מוחלטת. במידה ורוצים להבדיל בין זן הבר לבין הזן התרכיבי – ניתן לרצף את אותם איזורים בהם הוחדרו מוטציות וכן הלאה. באיור מעל ניתן לראות את עקרון השיטה: החיצים הקטנים מסמלים פריימרים - מקטעי DNA קטנים, קומפלימנטריים לרצף ידוע בגנום אשר תוחמים את האיזור הנבדק בכיווניות הפוכה. לדוגמא : הפריימרים A ו- D, תוחמים את האיזור A-B-C-D (כל מה שבינהם). את תוצר ההגברה ניתן לכמת במכשיר, ניתן לכמת יחסית וניתן לרצף עד לרמת הנוקלאוטיד על מנת לראות האם הרצף נותר זהה או שיש בו מוטציות. בלי הרבה פרטים - מכונה עושה את הפעולה

עכשיו נשארה שאלה אחרונה, האם מבצעים בישראל 2013 את הריצוף הגנטי הזה? רק בשביל שנהיה בטוחים...
בדקתי באתר הWHO ולא מצאתי אזכורים לריצוף, רק שהתהליך בפעולה. 
דיווח מיוני דיווח מיולי ודיווח מאוגוסט
המאמר הזה מעיד על ריצופים גנטים שנעשו (PCR) לזיהוי התפשטות וירוס מפקיסטן לאפגניסטן

בחזרה למאמר מידיעות
מגיסטר יוסי מנור, מנהל המרכז הארצי לנגיפים בסביבה, מסביר: "יש כמה שלבים בבדיקות המעבדה שאנחנו מבצעים. אחד השלבים הוא שלב שנקרא שלב המיון. בשלב הזה מגדלים תרביות מהחומר שמגיע אלינו מהביוב, ואם התרביות גדלות,...אז אנחנו צריכים לזהות באיזה נגיף מדובר. אם מדובר בפוליו, השלב הבא הוא להבין שלא מדובר בנגיף שניתן בחיסונים חיים, כי הרי מי שמקבל את החיסון החי, מפריש אותו אחר כך בצואה, וצריך לשלול את זה.
האם הנגיף הפראי, זאת אומרת זה שמקורו לא בחיסון, ממשיך לחיות ב־40מעלות?
"מהניסיון שלנו כן. הפוליו שהיה בארץ עד עכשיו מתרבה ב־40 מעלות"
הפוליו שהתגלה במצרים בפברואר חי ב־37 מעלות או ב־40 מעלות?
"ב־37 מעלות, המבנה הגנטי שלו זהה כמעט לחלוטין לזה שנמצא בארץ".
.נתקלנו בנגיף מתוחכם ושונה, אשר לא שרד בטמפרטורה גבוהה ולכן לא זוהה על ידינו מיד כנגיף פוליו פראי. 
....
מכיוון שזו הייתה כבר תוצאה חוזרת, הבינו במשרד הבריאות כי כנראה מתחולל כאן משהו ושלחו את הבדיקה למיפוי גנטי אשר יאפשר לזהות במדויק: מהו הנגיף הזה שמופיע יותר ויותר במי הביוב בדרום? התוצאות הסופיות הגיעו רק באמצע מאי, אבל לפחות הן היו חד־משמעיות: נגיף הפוליו חזר לישראל.

גם על פי הכתבה הזו, נאמר כי זוהה בוודאות הגנום של הזן הפקיסטני, אשר נמצא בדגימות גם במצריים. את זה אמר מומחה ה WHO.
במאמר הזה, מוצבע כי זוהה וירוס שעבר מפקיסטן לאפגניסטן. הזיהוי של הנגיף הסורר נעשה על פי שיטת הריצוף הגנטי. 

אז אתה מסתובב פה הרבה?


מבדיקת הנתונים  מצאתי אינפורמציה בחוזר משרד הבריאות  מתאריך 27.6 כתוב ככה:
במסגרת ניטור שוטף זה של מערכות הביוב שמבצע משרד הבריאות באזורים שונים בישראל, 
נתגלה נגיף פוליו לא תרכיבי מסוג 1 במערכת הביוב של היישוב רהט ב-9 לאפריל 2013. בהרחבת 
תוכנית הניטור, נגיף זה אותר גם בדגימות מחודש מרץ, מאי ותחילת יוני. נכון ליום פרסום חוזר 
זה, במערכות הביוב של באר שבע התגלה נגיף בכמות פחותה מאשר ברהט בדגימות מהחודשים 
מרץ עד יוני 2013. כמו כן, דגימות חדשות מחודש יוני מהשפכים של אשדוד, קריית גת, מט"ש 
שוקת, מט"ש ערוער (ערערה בנגב) ומט"ש תל שבע היו חיוביות לנוכחות לנגיף הלא-תרכיבי מזן 1
בכמות פחותה מהדגימות ברהט. 

ככה זה נראה פה, עד סוף יוני
מפת התפשטות הפוליו יוני 2013

ביולי כתבו במשרד הבריאות

  • אתרים (מט"שים) חיוביים, בהם זוהו שרידי נגיף פוליו בדגימה האחרונה שנלקחה:
    רהט, באר שבע, ערד-כסייפה, תל-שבע, ערערה בנגב, תל-שוקת, קריית גת, איילון (המרכז שפכים מרמלה, לוד, מ.א. גזר ומודיעין), תנובות (מרכז שפכים מקלנסוואה וישובים נוספים באזור לב השרון), וחורשים (מרכז שפכים מאזור חורשים, ג'לג'וליה, כפר ברא).יצויין כי ברהט ובאר שבע קיימת מגמה של התייצבות מבחינה כמותית.

  • שוב תרגמתי את זה למפה, וככה זה נראה פה, נכון ל11 ליולי. 
    מפת התפשטות הפוליו יולי 2013

    בקה אל גרביה נוספה לרשימה ב 20 לאוגוסט אופקים נוספה לרשימה ב21 לאוגוסט 
    ואז המפה המעודכנת ביותר נכון להיום נראית כך:

    מפת התפשטות הפוליו אוגוסט 2013
    עכשיו נשאלת השאלה, איך אנחנו יודעים שבמשרד הבריאות לא בודקים לפי צורך, בודקים, מוצאים מפחידים, ואנשים מתחסנים? ובכן התשובה טמונה כאן: 
    הנה האזורים שבהם היו ממצאים שליליים - כלומר לא נמצאו נגיפי פוליו פראיים

    • אתרים (מט"שים) שליליים, בהם לא זוהו שרידי נגיף בדגימה האחרונה:
      חיפה, ירושלים (3 מט"שים שונים), חדרה, ניר עציון, תל-עדשים, כרמיאל, נהריה, עכו, כפר מנדא, טייבה, טירה, תל-אביב (2 אתרים), שפד"ן, הרצליה, אילת, להבים, אשקלון, ואשדוד (יצוין כי באשדוד נפסקה הופעת נגיף בביוב).
      עוד 4 מט"שים נמצאים כעת בעבודה.

וכך זה נראה על המפה
אזורים עם ממצאי פוליו שליליים יולי 2013

יחד עם זאת
כלומר, המסקנה שלי, שהם לא ממציאים נתונים, אלא בודקים בו זמנית את המט"שים, ואיפה שנמצא נגיף, מודיעים על כך.

עדכון אחרון ממשרד הבריאות, עדיין יש ממצאים בדרום. רק שלא נאמר האם שאר המט"שים נבדקו.

אסייג ואומר מתוך מסמך שהרכיב מרדכי קטן יש לו הסגות לגבי דרכי הניטור

היה טעם לפגם בהתבטאויות של שרת הבריאות, יעל גרמן, וזאת משני טעמים. האחד המסרים הסותרים בפְּניה שלה לציבור. כך בעוד שהיא השתמשה בטכניקות של ניסיונות הפחדה, היא חזרה ואמרה שאין היסטריה. התנהלות בעייתית זאת מצטרפת לשורה של אי דיוקים (ראה נספח א). למשל כשאמרה בראיון שאין ברשות הפלשתינית נגיפים כאלו וזה בזכות החיסון האוראלי. מדובר כאן בלא יותר מאשר השערה (assertion) מעבר לכך שידוע שמדינות רבות משתמשות בחיסון OPV ועדיין יש חולים, לא בכל מדינה יש ניתור, וחמור מכל במקרה דנן ידוע כי קיים שימוש נרחב בבורות ספיגה ברשות הפלשתינית, ולכן השערה זו היא למעשה טענה הלוקה בחוסר ניקיון כפיים והטעיית ציבור. רוצה לומר שניתור הביוב יכול לפספס נשאים של נגיף הפוליו הפראי. ולמעשה ניתור שכזה גם בישראל יכול רק לתת אינדיקציה לגבי קיום פוזיטיבי של הנגיף, בניגוד לאי קיומו[1].




[1] למגבלות בדיקות הביוב ראה כאן: J Ranta, T Hovi, E Arjas, "Poliovirus surveillance by examining sewage waterspecimens: studies on detection probability using simulation models"

מקריאה של המאמר המדובר ראיתי 3 מודלים מתמטיים שמדברים על ניטור בביוב, ולא הצלחתי להשליך על המצב בישראל, למעט הטענה על בורות ספיגה, ואולי גם חיתולי תינוקות הנזרקים ולא מגיעים לביוב. כמו כן, לא הצלחתי להבין את הטענה על בדיקת ממצאים פוזיטיביים בלבד. פתוחה להערות ודיון בנושאים שהועלו.